Начиная с 1929 года, система Медицинского центра начала свое развитие с открытия небольшой амбулатории. В 1932 году было принято решение создать Санитарное управление в составе Управления делами Совнаркома Казахской ССР на заседании Совета народных комиссаров. А в 1933 году был построен стационарный корпус, и это была уже объединенная с амбулаторией больница Санитарного управления Совнаркома.
Во время Великой Отечественной войны больница активно работала на фронте вместе с остальной страной. В последующие годы больница продолжала расширяться, вводились в эксплуатацию новые лечебные и диагностические здания, улучшалась материально-техническая база и совершенствовалось оказание медицинской помощи для пациентов.
В феврале 1964 года Советом Министров Казахской ССР было создано 4-ое Главное управление при Министерстве здравоохранения КазССР, которое в настоящее время является Медицинским центром Управления делами Президента Республики Казахстан.
Медицинский центр сегодня является престижным брендом в области здравоохранения в Казахстане, а также крупным холдингом, занимающимся охраной здоровья граждан РК. МЦ УДП РК предоставляет полный цикл медицинских, реабилитационных и образовательных услуг, соответствующих международным стандартам качества и госпитального сервиса. Все услуги предоставляются с использованием передовых технологий и инноваций в клинической практике и образовательной сфере. Медицинский центр работает в трех основных направлениях: клиника, наука и образование.
Основными задачами Медицинского центра являются организация медицинского, санаторно-курортного обеспечения, укрепление и сохранение здоровья населения, поддержание санитарно-эпидемиологической безопасности, трансферт современных технологий в регионы, развитие медицинского туризма, расширение научного и клинического сотрудничества.
На сегодняшний день Медицинский центр объединяет девять передовых организаций: «Больница МЦ УДП РК» (в городе Астана), «Центральная клиническая больница» (в городе Алматы), Санаторий «Ок-Жетпес» (в Щучинско-Боровской курортной зоне), Санаторий «Алматы Resort», Санаторий «Қазақстан» (на озере Иссык-Куль), Санаторий «Казахстан» (г. Ессентуки, РФ), «Центр санитарно-эпидемиологической экспертизы» МЦ УДП РК (в городе Астана), «Центр медицинских технологий и информационных систем» (в городе Астана), «Детский сад «Қарлығаш» МЦ УДП РК (с тремя филиалами в городе Астана).
За последние годы Медицинский центр расширил свою деятельность и открыл несколько новых учреждений, таких как учебный центр роботизированной хирургии, Центр ядерной медицины и отделение CHECK-UP диагностики.
Санаторно-курортные организации Медицинского центра оснащены современным медицинским оборудованием, располагаются на территориях с уникальными природными ресурсами (Боровое, предгорья Алматы, озеро Иссык-Куль, город Ессентуки) и предоставляют широкий спектр лечебно-оздоровительных мероприятий.
В Медицинском центре УДП РК функционирует одна из ведущих дошкольных организаций в стране. На данный момент «Детский сад «Қарлығаш» позиционирует себя как инновационный центр дошкольного образования в Казахстане, который предоставляет образовательные услуги по развитию детей дошкольного возраста. Детский сад «Қарлығаш» имеет большой опыт в организации и проведении имиджевых мероприятий по трансляции педагогического опыта. За последние 4 года педагогами дошкольного учреждения проведены ряд мероприятий регионального, республиканского и международного форматов.
В Центре медицинских технологий и информационных систем (ЦМТИС) обучение проводят высококвалифицированные эксперты в своих отраслях - доктора наук, обладатели степени PhD, доктора делового администрирования DBА, кандидаты наук, обладатели степени MBA.
Центр санитарно-эпидемиологической экспертизы (ЦСЭЭ) проводит санитарно-бактериологические, санитарно-химические, токсикологические, радиологические исследования, исследования по контролю генно-модифицированных продуктов питания и продовольственного сырья, а так же замеры физических факторов в соответствии с международными стандартами, Таможенного Союза и Всемирной Торговой Организации. ЦСЭЭ оснащен высокотехнологичным аналитическим современным лабораторным оборудованием и аппаратурой. Центр имеет возможность решения всех задач связанных с обеспечением санитарно – эпидемиологической безопасности населения.
В рамках реализации Концепции развития на 2023-2025 годы Медицинский центр запланировал выезды в регионы Казахстана. Основная цель данного проекта – это обмен опытом и передача современных технологий в профилактике, диагностике и лечении заболеваний.
Медицинский центр насчитывает более 6 тысяч высококвалифицированных сотрудников. Предприятия Медицинского центра аккредитованы по международным стандартам Joint Commission International, ISO, GPP, IIAC-MRA, EuroSPA.