Центр санэпидэкспертизы выполняет функции в соответствии с Кодексом Республики Казахстан «О здоровье народа и системе здравоохранения» и совместно с Управлением санитарно - эпидемиологического надзора Медицинского центра обеспечивает медицинскую безопасность, санитарно-эпидемиологическое благополучие визитов Глав иностранных государств, Правительств в Республику Казахстан, визитов охраняемых лиц страны в регионы республики и мероприятий с участием охраняемых лиц.
Центр санэпидэкспертизы проводит бактериологические, паразитологические, санитарно-химические, токсикологические исследования и замеры физических факторов (ионизирующее и электромагнитное излучение, шум, освещенность, микроклимат) среды обитания в соответствии требованиям стандартов Республики Казахстан, «Единые санитарно-эпидемиологические и гигиенические требования к товарам, подлежащим санитарно-эпидемиологическому надзору (контролю)».
