Санэпидсараптама орталығы өз қызметін Қазақстан Республикасының «Халық денсаулығы және денсаулық сақтау жүйесі туралы» Кодексіне сәйкес жүргізеді және Медициналық орталықтың санитарлық – эпидемиологиялық қадағалау басқармасымен бірге (бұдан әрі – СЭҚБ) Қазақстан Республикасына ресми іссапармен келген шетелдік мемлекет басшыларының, Үкімет басшыларының және күзетілетін тұлғалардың шетелдерге, республика аймақтарына іссапарларының, күзетілетін тұлғалардың қатысуымен жүргізелетін шаралардың медициналық қауіпсіздігін, санитарлық – эпидемиологиялық саулығын қамтамасыз етеді.
Санэпидсараптама орталығы тұратын ортаның бактериологиялық, паразитологиялық, санитарлық-химиялық, токсикологиялық зерттеулерін және физикалық өлшем факторларын (ионды және электромагниттік сәуле тарату, шу, жарықтандыру, микроклимат) Қазақстан Республикасының стандарттарына, ТМД елдері арасында қабылданған және халықаралық стандарттарға сәйкес жүргізеді.
