Қазақстан Республикасы Президенті Іс басқармасы Медициналық орталығының «Қазіргі заманғы медициналық технологияларды енгізу орталығы» мемлекеттік мекемесі (бұдан әрі – Орталық) «Мемлекеттік бюджеттен қаржыландырылатын бағдарламалардың мекеме-әкімшілерінің кейбір мәселелері» Қазақстан Республикасы Үкіметінің 1998 жылғы 25 желтоқсандағы №1355 Қаулысына, «Қазақстан Республикасы Президенті Іс басқармасы Медициналық орталығының «Қазіргі заманғы медициналық технологияларды енгізу орталығы» ММ құру туралы» 17.02.1999 жылғы №25 бұйрығына сәйкес құрылған.
2007 жылғы 4 желтоқсанда «Қазақстан Республикасы Президенті Іс басқармасы Медициналық орталығының «Қазіргі заманғы медициналық технологияларды енгізу орталығы» мемлекеттік мекемесін қайта ұйымдастыру туралы» Қазақстан Республикасы Үкіметінің №1174 Қаулысы бойынша «Қазіргі заманғы медициналық технологияларды енгізу орталығы» Республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорынға қайта ұйымдастырылған.
«Қазақстан Республикасы Президенті Іс басқармасының жеке ұйымдарын қайта ұйымдастыру туралы» Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2009 жылғы 12 наурыздағы №289 Қаулысына сәйкес Қазақстан Республикасы Президенті Іс басқармасы Медициналық орталығының «Қазіргі заманғы медициналық технологияларды енгізу орталығы» РМҚК денсаулық сақтау және ғылым саласында өндірістік шаруашылық қызметті жүзеге асыратын, шаруашылық жүргізу құқығындағы Республикалық мемлекеттік кәсіпорынға қайта ұйымдастырылған.
2012 жылғы 10 қыркүйекте «Медициналық технологиялар және ақпараттық жүйелер орталығы» акционерлік қоғамына қайта ұйымдастырылған.